Além do endividamento e das contas acumuladas, a Infraero vive uma crise administrativa. O novo presidente da entidade, Antônio Claret, tomou a decisão de demitir quatro diretores para substituí-los por pessoas indicadas pelo PR, seu partido. A medida passa também pela mudança de estatuto que impede nomeações políticas. O novo presidente chegou a pedir que seus diretores colocassem os cargos à disposição. Técnicos da Infraero afirmam que se as mudanças forem implementadas, adotarão medidas como paralisação dos aeroportos durante as Olimpíadas.
A disputa ocorre no momento em que o Governo sinaliza a abertura de capital dos aeroportos Santos Dumont e Congonhas. O ministro dos Transportes, Maurício Quintella, também do PR, é favorável a que integrantes do partido venham ocupar cargos na atual diretoria da Infraero
